O logótipo tem como principal inspiração a proximidade do rio Tejo, o elemento água e a fauna característica ou diferenciadora que podemos encontrar na baía do Seixal, como as aves migratórias, nomeadamente o Flamingo, o Alfaiate e a Garça Branca.

O Flamingo tem a particularidade de ser uma ave que vive em bandos numerosos e é, por isso, a figura central do logo pretendendo com isso dar a ideia do GRUPO. O grupo inclui também um Alfaiate e uma Garça em representação da diversidade e dos vários grupos etários que constituem o Agrupamento de Escolas João de Barros.

A imagem menos realista e mais estilizada e orgânica das figuras tem como objetivo o enquadramento do logótipo no contexto de ensino, como se tratasse duma pintura à mão desenvolvida numa aula de desenho e no contexto regional.

Fica a ideia de um Agrupamento unido, diversificado e criativo que experimenta, faz e cria com a liberdade de expressão e estilo que caracteriza a Margem Sul.